Санитарно-эпидемиологическая служба Республики Абхазия представлена Республиканской СЭС Минздрава РА с 7-ю городскими и районными СЭС.

Каждую СЭС возглавляет - Главный Государственный врач санэпидслужбы, в пределах своей компетенции, наделенный полномочиями в части контроля за выполнением санитарных и противоэпидемических норм и правил.